Здание, где ныне располагается Музей истории Томска, построено в 1859г. по проекту архитектора, инженера подпоручика В.К.Фадеева. Первоначально здесь располагалась Воскресенская частная полицейская управа.

Музей истории Томска создан решением городской администрации от 16.07.97г. Шесть лет велись подготовительные (ремонтные, научно-исследовательские) работы, предшествующие открытию музея. 7 июня 2003г. в торжественной обстановке при участии первых лиц города музей открыл свои двери для посетителей. Их вниманию была представлена первая временная экспозиция «Портрет старого Томска».

К четырехсотлетию Томска была подготовлена постоянная экспозиция «Первый век Томска». Тогда же, в 2004г., на территории возле музея была возведена реконструкция Спасской башни второй Томской крепости 1648г.

24 апреля 2006г. на смотровой площадке музея истории Томска – бывшей пожарной каланче – в память о былых временах установлен манекен пожарного Афанасия.

В том же году, в рамках празднования дня города был произведен первый выстрел из реконструкции крепостной пушки, установленной на южном мысе Воскресенской горы недалеко от камня основания Томска. Пушечные залпы в полдень стали доброй традицией.

В 2010г. основная экспозиция музея была расширена: появились разделы, посвященные религии, просвещению, торговле Томска XVIII - нач. XX века.

Сейчас Музей постоянно приобретает новые экспонаты, организует разнообразные выставки. Это не только хранящее историю пространство, но и современное, непрерывно развивающееся учреждение, которое периодически удивляет Томичей и гостей города новыми идеями. Мы всегда открыты для сотрудничества!